Buddyzm japoński (butsugyō), podobnie jak koreański i wietnamski, wywodzi się z buddyzmu chińskiego. Został zaimportowany z Korei w 522 r. i początkowo natrafił na silny opór. Za czasów cesarza Yōmei w 585 r. uzyskał równouprawnienie, a przez cesarza Shōtoku w 594 r. został uznany za religię państwową. Shōtoku osobiście studiował sūtry szkoły madhyamaka według „trzech tekstów”. Pod wpływem buddyzmu napisał pierwszą „konstytucję” Japonii i rozpoczął budowę świątyń oraz klasztorów. Buddyzm przekształcił kulturę japońską, ale równocześnie sam uległ silnym przekształceniom.
W okresie formowania się buddyzmu w Japonii, oprócz madhyamaki (sanron), pojawiły się nauki czterech szkół (shū):
- w 625 r. - hīnayānistyczna nauka „doskonałości prawdy”, według tekstu Harivarmana Satyasiddhi w języku chińskim;
- w 653 r. - szkoła vinayi, czyli dyscypliny zakonnej;
- w 658 r. sarvāstivāda Abhidharmakośi;
- w 664 r. - vijñānavāda w interpretacji Xuanzanga.
W epoce Nara w 736 r. z Korei przybyła szkoła Avatamsakasūtry, wraz z tekstem Suvarnāprabhasasūtry (Sūtry złotego blasku). Głosiła istnienie „pierwotnego nieuwarunkowanego”, z którego pochodzą i do którego można sprowadzić wszystkie, nawet przeciwstawne, elementy. Każdy element wszechświata odbija w sobie całość, a „nieuwarunkowana” całość zależy od ogółu „uwarunkowanych” elementów, razem wziętych i każdego z osobna. Jednostki, jako warunki, stanowią ekwiwalent całości, są odrębne, a równocześnie wzajemnie uzależnione.
Z sześciu wczesnych szkół do dzisiaj przetrwały trzy ostatnie. Pozostałe od końca IX w. stanowią jedynie element kształcenia w klasztorach szkoły kegon (nauki sanron) lub hossō (hīnayānistyczna, vinayi). Szkoła kegon uzyskała w 752 r. status głównej szkoły w Japonii, a w świątyni w Narze powstał ośrodek wyświęcania mnichów. Przeciwstawiły się temu dwie nowe szkoły powstałe w epoce Hei’an, które za zgodą cesarza założyły własne centra wyświęcania duchownych.
Pierwszą fazę buddyzmu skonfrontowano z przekonaniem obecnym w shintōizmie, że słowo ma moc ujawniania, zmieniania i kreowania rzeczywistości. Teorię przeniesiono na interpretację sūtr buddyjskich pisanych w języku chińskim, do których należą mantry i dhāranī, czyli formuły magiczne, mające służyć oczyszczeniu ciała i umysłu, wsparciu medytacji czy skłonieniu bodhisattvów do wsparcia swego wyznawcy.
W Japonii wyłoniła się nowa szkoła shingon (prawdziwego słowa), której założycielem był Kūkai (Kōbō Daishi), twórca centrum na górze Kōya. Szkoła ta głosi nauki vajrayāny o trzech tajemnicach (sanmitsu):
- ciała (mudrach),
- mowy (mantrach),
- umysłu (mandalach, jako podporach dla medytacji), łączących adepta z Buddą.
Szkoła shingon czci Buddę Mahā-Vairocanę, który kieruje całym wszechświatem jako jego wewnętrzna harmonia. Dwie podstawowe mandale symbolicznie przedstawiają harmonię całego wszechświata wraz z Vairocaną oraz teorię jego immanencji jako tathāgatagarbhy w każdej istocie. Sens nauki shingonu przekazywany jest na dwóch poziomach:
- egzoterycznie,
- ezoterycznie (oświecenie nie jest jednakowo dostępne dla wszystkich ludzi).
Drugą szkołą, która pojawia się w epoce Hei’an (794–1184), jest tendai, wprowadzona przez Saichō. W przeciwieństwie do swojego wczesnego odpowiednika w Chinach, łączy w sobie nauki szkoły vinayi, wczesnego chanu, amidyzmu oraz elementy tantryzmu. Posiada naukę:
- publiczną kengyō,
- ezoteryczną mikkyō.
Tendai włączał do swojego programu studiów, ułożonego według wzrastającego stopnia trudności nauki i zakresu wiedzy, doktryny i teksty szkół wcześniejszych oraz shintō, identyfikując bóstwa religii narodowej z bodhisattvami buddyjskimi. Stanowi to konsekwencję reinterpretacji pojęcia „pierwotnego oświecenia” (hongaku), przekazywanego ustnie we wszystkich szkołach, ale osiągającego najwyższą formę w szkole tendai. Szkoła posiada centrum wyświęcania na górze Hiei koło Kyotō. Podzieliła się na trzy gałęzie.
Szkoły „starego buddyzmu” przekazują bardzo złożone nauki, niejednokrotnie praktykując skomplikowane rytuały oraz przyjmując doktrynę o stopniowym dochodzeniu do oświecenia. Jedynie szkoła shingon uznaje dwa sposoby: stopniowy i nagły. Dysputy między szkołami shingon i tendai, herezje i przesądy spowodowały zanik szacunku do nauk ezoterycznych i poszukiwanie doktryn prostych.
Szkoły „nowego buddyzmu” epoki Kamakura (1185–1336) głoszą proste praktyki duchowe. Uznają dojście do oświecenia „tu i teraz” oraz osiągnięcie wyzwolenia „w tym jeszcze życiu”. Pierwszą z nich była nauka amidyzmu, która powoli wyłamywała się z wszechobejmującej syntezy tendaiu już w okresie poprzednim. Na podstawie tekstu Sukhāvatīvyūhy, Kūya, Genshin i Ryōnin głosili praktykę koncentracji na Buddzie poprzez powtarzanie imienia, publiczne śpiewanie hymnów i taniec, jako praktyki wystarczającej.
Hōnen założył szkołę Czystej Ziemi (jōdoshū), ponieważ został zmuszony do opuszczenia tendaiu za głoszenie podobnych nauk. Prześladowany za życia, przekazywał swoje nauki z pokorą i ostatecznie nawrócił cesarza wraz z jego dworem. W 1206 r. wraz z uczniami został skazany na wygnanie, skąd powrócił na rok przed śmiercią. Hōnen nauczał, że powtarzanie imienia Amidy jest elementem pobożności, zastępującym medytację oraz gromadzeniem zasług.
Shinran, uczeń Hōnena, miał wizję Kannon, czyli bodhisattvy Avalokiteśvary w postaci żeńskiej, która nakazała mu porzucić stan mnisi i ożenić się. Ożenek miał pokazać, że celibat nie jest konieczny do wyzwolenia, a rodzina powinna być centrum życia człowieka, także religijnego. Shinran zinterpretował to jako dowód grzeszności natury człowieka, który w swojej słabości nie może sam się wyzwolić, lecz musi polegać na łasce Buddy Amidy. Na wygnaniu do 1235 r. szerzył swoją naukę wśród ludności wschodniej części kraju. Według Shinrana pojedyncze wspomnienie imienia Amidy z wiarą wystarcza dla zbawienia, a kolejne wypowiadanie wdzięczności zapewnia zbawienie. Głosił też, że zdolność wzbudzenia w sobie aktu wiary nie wynika z wrodzonej wszystkim natury buddhy (tathāgatagarbhy), lecz jest niezasłużonym darem Amidy. Nauka Shinrana stała się po jego śmierci podstawą powstania zorganizowanej sekty jōdoshinshū (prawdziwej szkoły Czystej Ziemi, sinshū), która fortyfikowała własne świątynie i w XVI w. walczyła z cesarzem.
Szkołę o podobnej doktrynie założył Nichiren, który zdegustowany istniejącym rozprzężeniem wśród mnichów postanowił powrócić do źródeł nauki Saicho, Sutry Lotosu Dobrego Prawa i czci dla Buddy Śakyamuniego. Twierdził, że wypowiadanie formuły „namu myōhōrengekyō” („Pokłon Sūtrze Lotosu”) zapewni osiągnięcie stanu buddhy, doskonałość moralną i raj na ziemi. Prześladowany za życia, przyjmował cierpienia jako element doskonalenia.
Szkołą, która wywarła największy wpływ na pozareligijną kulturę Japonii jest zen. Wprowadzony do Japonii w VII w. i nauczany w VIII i IX w., przyjął się dopiero w epoce Kamakura, kiedy spopularyzowano skupianie na jednej ścieżce, jednej metodzie. Eisai sprowadził z Chin naukę szkoły rinzai. W celu pozyskania poparcia cesarza, próbował pogodzić ją z naukami tendaiu i shingonu, nadając jej wymowę narodową („praktykuj zen, chroń swój kraj”). Dzięki naukom rinzaiu praktyki zenu i pokrewnych szkół rozprzestrzeniły się na różne dziedziny życia, nadając im sens praktyk duchowych:
- ceremonia parzenia herbaty,
- układanie kwiatów,
- pielęgnacja ogrodów,
- łucznictwo,
- sztuki walki wręcz, z mieczem i kijami,
- poezja haiku,
- teatr,
- podstawy filozofii rycerskiej (bushidō).
Hakuin Ekaku (Hakuin Zenji) zreformował szkołę rinzai, usystematyzował posługiwanie się kōanem. Dōgen założył szkołę sōtō, nauczającą „siedzenia w medytacji” (zazen), jako praktyki podstawowej dla uciszenia umysłu i nie uznającej stałego posługiwania się kōanami.
W okresie Kamakury związany ze szkołą kegon był Myōe Shōnin, który interpretował cały świat jako fantazję, gdzie występujące znaki istoty i rzeczy („obecności”) mogą być doświadczane jako reprezentacje czegoś innego, jako odpowiedzi bóstw na wezwanie poprzez praktykę lub jako odtworzenie przeszłości. Poznanie prowadzące do wyzwolenia jest wizją (np. w medytacji), wyzwolenie jest nieosiąganiem (niczego różnego od własnej świadomości). Najlepszą metodą poznania jest filozoficzna interpretacja snów.
Ogyū Sorai, myśliciel konfucjański, próbował łączyć konfucjanizm z buddyzmem. Po krótkim okresie kontaktów z Europą w XVI w. i po okresie zamknięcia Japonii na świat (1600–1868) prześladowane chrześcijaństwo zbliżyło się w swych formach do amidyzmu, a myśl zachodnia (rangaku, „nauka holenderska”) ograniczona została do nauk przyrodniczych, technicznych i ekonomicznych. Dopiero pod koniec XIX w. buddyzm japoński został skonfrontowany ponownie z Zachodem oraz z wczesnym buddyzmem indyjskim, tybetańskim i chińskim. Do Japonii zaczęło napływać chrześcijaństwo i nowe nurty zachodniej myśli filozoficznej, w tym pragmatyzm, idealizm oraz marksizm.
Nishida Kitarō łączy metodologię i terminologię filozofii europejskiej z tradycyjnym podejściem buddyjskim (ale całkowicie bez terminologii buddyjskiej). „Doświadczenie czyste”, leżące u podstaw jego filozofii, które jest bezpośrednie, przedrefleksyjne, nieuprzedmiotawiające, sytuujące się przed podziałem na podmiot i przedmiot, wydaje się wypływać wprost z medytacji siedzącej (zazen). Doktryna kegonu o odbiciu całości w każdym elemencie wszechświata opiera się na twierdzeniu, że im bardziej jakaś prawda jest względna, czyli zasadzona na jednostkach, tym bardziej jest absolutna.